L’implementazione del sistema di autocontrollo inizia con l’acquisizione dei dati relativi all’attività lavorativa.
È necessario creare un GRUPPO DI LAVORO (HACCP TEAM) e stabilire un responsabile dell’autocontrollo.
Devono essere redatti i diagrammi di flusso che descrivono l’ attività.
Momento fondamentale dell’implementazione è l’ analisi dei rischi (chimici, fisici e biologici) legati all’attività e la definizione dei PUNTI CRITICI DI CONTROLLO, CCP.
A questo punto è necessario stabilire i LIMITI CRITICI e le azioni di MONITORAGGIO.
Infine stabilire le AZIONI CORRETTIVE, sul processo e sul prodotto, a fronte delle NON CONFORMITA’ possibili.
Una volta stabilito il PIANO HACCP vanno definiti la gestione della documentazione e le azioni di verifica tra cui  eventualmente PIANO DI CAMPIONAMENTO e VISITE ISPETTIVE INTERNE.
A tutto ciò va affiancata la descrizione della gestione dei PREREQUISITI: per PREREQUISITI si intende lo sviluppo, la realizzazione e la documentazione di procedure che controllano le condizioni operative, permettendo che le condizioni ambientali siano favorevoli alla produzione di alimenti sicuri. Si tratta quindi di procedure trasversali al processo produttivo e fondamentali per la gestione di alcuni pericoli e per la sicurezza dell’alimento. I termini SOP (Standard Operating Procedure – Procedure Operative Standard), PREREQUISITI o PROGRAMMI PREREQUISITO, sono sinonimi.
I PREREQUISITI possono essere :

• pulizia e disinfezione
• controllo degli animali infestanti
• gestione dell’acqua potabile
• gestione dei rifiuti
• manutenzione delle strutture e degli impianti
• controllo delle temperature
• gestione (e formazione) del personale
• gestione di visitatori e appaltatori
• gestione dei fornitori
• gestione del prodotto
• Rintracciabilità
• procedura di ritiro dal mercato delle merci non idonee
• gestione del vetro e della plastica dura
• gestione del legno